东学党起义前后，借兵问题成为朝鲜政府内部讨论的重要议题，但几起几落，长期未能得以实行。
先是在一八九三年四月东学道徒报恩聚会时，朝鲜政府即有借兵中国之意。五月二日，举行大臣会议时，有人提出：忠清道监营兵力微弱，不足以镇压之，而京畿防务亦不甚固，唯有借调中国军队代戡。会后，朝王特派内务府官员朴斋纯亲访袁世凯，请求中国派军舰及陆军驻马山浦，以资镇慑。袁认为，东学道乌合之众，不足构成威胁，而“调兵骇闻远近，必多骚谣”。注1并力劝朝鲜政府宜镇静处之。十日，再次召开大臣会议，讨论处理报恩事件的对策。朝王又提议请援中国，因领议政沈舜泽、右议政郑范朝及左议政赵秉世皆持反对意见，未能做出决定。当时，朝王怕京城空虚，不敢派遣亲兵，故主张借兵中国。而沈舜泽等人反对借兵中国，只是怕负担军费。至于如何妥善解决国内的危机，皆无一人道及。因此，君臣们尽管意见不一，实际上都无改革弊政以从根本上解决问题的打算。只是由于报恩聚会的东学道众解散，借兵之议才不再提起。
及至一八九四年全琫准起义后，借兵中国之议再起。两湖招讨使洪启薰密奏朝王，提出借外兵助剿。然而，推动借兵中国之议的最有力者，还是“势道”注2闵泳骏。闵泳骏的后台则是朝王李熙和闵妃。当时已有大院君李昰应与东学党勾结的风传。李熙和闵妃为防范此事，故积极支持闵泳骏与袁世凯保持密切联系。注3只因大臣中反对者甚多，难以付诸实行。五月二十五日，李鸿章电总理衙门称：“舟次迭接袁道电：‘全罗道匪党势颇猖獗，韩兵，练溃败。又添调江华枪队炮队四百余往剿’云。韩王未请我派兵援助，日亦未闻派兵，似未便轻动。应俟续信如何，再酌。”注4直到此时，大臣之间尚未取得一致的意见，李熙尽管倾向于向中国借兵，但唯一的顾虑是惧怕日本出兵。因为日本代理公使杉村濬曾多次访问外务署督办赵秉稷及其他大臣，力言借调外兵甚为不可。注5李熙更担心借兵中国，日本必以此为借口出兵，局面将难以收拾，因此举棋不定，下不了最后的决心。
但在此时，闵泳骏仍然与袁世凯暗中联络，不断磋商此事。闵，袁曾在校洞之闵泳骏府中密议，袁谓朝鲜文武官吏中无—人物，闵请道其意。袁称：“方今东学跳梁，招讨重任，而使孺子之洪启薰任之。国家不误而何?余近遣使至战地侦察，将无严威，军无纪律，官校终日不为一事。兵卒出入闾里，偷财贪色，为害居民贼军在前。则远阵于数十里以外，待其退却，然后追讨。是岂讨贼之本意?余谓朝鲜无人物以此。若使余画策，期以十日，必不难讨灭之。”注6袁还向闵表示，只要朝鲜政府以正式照会的形式提出求援，中国可随时考虑其借兵要求。
三十日：廷臣会议讨论借兵问题，意见仍然相持不下。领敦宁府事金炳始反对借兵最为激烈，向李熙进言曰：“匪徒虽难赦，然皆我民，将以我兵剿之。若惜他国兵诛讨，我民心当如何?民心易涣散，宜审慎！”注7讨论无结果而散。
三十一日，全州陷落的消息传来，京城为之震动。李熙急派闵泳骏向袁世凯求助：“方今全州失守，以若朝鲜之兵，难以抵乱敌。且人才难得其人。望大人特念。”袁十分爽快地回答道；“朝鲜有危，吾岂不悉心护之乎?若有难处之端，吾当担当矣。”闵闻此言大喜，即回报李熙。
六月一日，廷臣会议讨论借兵是否会引起第三国出兵的问题。朝王与大臣的谈话内容如下：
闵泳骏、赵秉稷禀：“都城二十里内，贼犯之前，各国兵不得下陆，公法所载。今日清兵请来，其他外兵不得挥入。”
朝王，“若日本称邻谊，出兵来助，以何对之?”
闵泳骏：“此亦袁世凯必有涂抹之策，不必烦圣虑。”
朝王，“日前袁氏之言，不无俄兵见机称助之意，此则何以答之乎?”
闵泳骏，“自有所答之道。”
至此，朝王才下定借兵的决心，对诸大臣曰：“此论(指反对借兵的主张)固好矣。来头事未可料，诸大臣之论亦宜请援云。清馆照会促送可也。”注8
同一天，袁世凯向李鸿章报告说：“京兵败，械被夺，韩各军均破胆。昨今商派京及平壤兵二千人，分往堵剿。王以‘兵少不能加派，且不可恃’为词，议求华遣兵代剿。韩归华保护，其内乱不能自了，求为代戡，自为上国体面，未便固却。顷已嘱‘如必须华兵，可由政府具文来，即代转电请宪核办’等语。”注9
按照《天津条约》，中国向朝鲜派兵，日本也可借口出兵。对于这一点，袁世凯不是不知道。朝王之所以迟迟不敢请援者，也是为此。那末，袁世凯为什么这么积极地推动此事呢?因为他相信，即使日本以护卫使馆为名，有出兵之举，也不过派遣百余名土兵而已，不致引起难以了结的纠葛。
其实，早在五月上旬，当袁世凯派平远舰帮助朝鲜运兵时，日本即非常关注中国士兵是否登岸。五月二十九日，日本外务大臣陆奥宗光又密令杉村濬：密切注童朝鲜政府与中国使节之间的关系，是否已向中国求援。到六月一日，杉村濬已探知韩王决定借兵，但不知中国态度如何。于是，急遣书记生郑永邦访问袁世凯，以“询匪情”为名试探袁的真意，并诱引袁入其圈套：
郑：“匪久扰，大损商务，诸多可虑。韩人必不能了，愈久愈难办，贵政府何不速代韩戡?”
袁；“韩廷亦有此请，我政府冀其习战自强，尚未核准……
袁；“乙酉约我如派兵，应由何处知照?”
郑，“由总署，北洋均可，我政府必无他意。”注10
袁世凯听了郑永邦“必无他意”的口头保证，更加相信日本顶多“不过借保护使馆为名，调兵百余名来汉”，绝不会出什么大事的。所以，他才那么自信地给李鸿章打了请兵的电报。
六月二日，杉村濬亲访袁世凯，详探朝鲜请援之究竟。前一天郑永邦来访时，袁世凯已经透出“俟接到正式公文后，即筹备出兵”的口风。杉村濬当即电陆奥宗光报告此事。所以，他今天来访，一方面是证实此事；一方面以“盼华速代戡”为名，进一步诱袁上钩：
杉村濬问，“盼华速代戡，允否?”
袁答：“韩惜民命，冀抚散。及兵幸胜，故未之请，不便遽戡。韩民如请，自可允。”
杉村濬问：“倘请迟，匪至全州，汉城其危。拟先调兵来防护，华何办法?”
袁答：“或调兵护，或徙商民赴仁川，待匪近再定。”
杉村濬：“韩送文请告知，以慰盼念。倘久不平，殊可虑。”
杉村濬所说；“拟先调兵来防护”，含催促中国出兵之童，又是为日本出兵预留地步。袁世凯却见不及此，总是从好的方面考虑，以为同杉村濬有老交情，不会对自己过不去，说什么“杉与凯旧好，察其语意，重在商民，似无他意。”注11完全相信了日本方面的瞎话。
到了六月三日，朝鲜政府终于命内务府参议成岐运，携政府照会正式请求中国派兵。并任命工曹参判李重夏为中国兵舰迎接官，内务府督办申正熙、参议成岐运统辖军务司，负责有关接待中国军队事务。
在朝鲜政府向中国送出请援照会的当天，日本驻天津领事荒川已次奉陆奥训令，也前去拜会李鸿章。荒川所谈与杉村濬“语意略同”，使李鸿章更相信日本“必无他意”的保证，毫不怀疑其包藏祸心，便坦率相告：“韩请兵，势须准行。俟定议，当由汪使知照外部，事竣即撤回。”注12这样，日本方面便完全掌握了中国的派兵计划。
清政府既应朝鲜政府的请求，决定派兵赴朝，便电驻日公使汪凤藻，根据一八八五年中日《天津条约》有关条款，知照日本外务省。六月六日，汪凤藻照会陆奥宗光，告知中国政府应朝鲜政府之请求，按照“我朝保护属邦旧例”，派令直隶提督叶志超“选带劲旅，星驰朝鲜全罗、忠清一带，相机堵剿，……一俟事竣，仍即搬回，不再留防。”注13
照会发出的当天，日本方面立即有所反映。汪凤藻急电李鸿章，告知日本政府令其驻朝鲜公使大鸟圭介“带捕二十名立赴韩，并添调一舰护商”。注14李鸿章电复汪称：“韩未请馁派兵，倭不应派。若以使馆护商为词，究竟有限，且汉城现安静无事。祈与妥商。”七日，袁世凯亦来电：“大鸟来，虑生事”。李鸿章则复电说：“大鸟不喜多事，伊带巡捕二十名来，自无动兵意。”注15他坚信日本“必无他意”，不会借机生事。
就在同一天，按连发生了两桩事情：
第一桩：日本外务省照复汪凤藻：“查贵国照会中有，保护属邦”之语，但帝国政府从未承认朝鲜国为中国之属邦”。注16为“属邦”二宇，日本外务省官员与汪凤藻“大费辩论”，日方欲汪“商请酌改”，汪则“正词拒之”。对此，李鸿章的态度很坚决，复汪电云：“文内我朝‘保护属邦旧例’，前事历历可证，天下各国皆知。日本即不认朝鲜为中属，而我行我法，未便自乱其例。故不问日之认否，碍难酌改。”注17但是，他完全没有看到，日本之所以提此问题，是为日后扩大事态而埋下的伏笔。
第二桩：日本驻北京临时代理公使小村寿太郎照会总理衙门，声明根据《天津条约》，“因朝鲜国现有变乱重大事件，我国派兵为要，政府拟派一队兵”。注18同时，李鸿章亦迭接袁世凯来电，谓已派译员询衫村濬，询问日本“派兵何事”，杉村答以“调护使馆，无他意”。又说；杉村“近颇惊惶自扰，故各国均疑之，谣议颇多。鸟(大鸟圭介)来，或稍镇静。”注19李鸿章均信之不疑。由于他对日本的险恶用心缺乏清醒的估计，因此只能按照自己一厢情愿的主观构想那样干下去。
中国所派军队分三批渡海。第一批，是太原镇总兵聂士成所统芦防马步军，共九百一十人，为前锋。六月六日下午六时，自塘沽登图南轮，于八日下午六时抵牙山海口。九日，登岸整队，进扎牙山县。第二批，是直隶提督叶志超所带榆防各营，共一千零五十五人，以及弹药、粮饷等，分载于海宴、定海二轮，于八日下午六时启航，十日下午三时抵牙山海口。因无驳船，直至十二日上午十时始全部登岸。第三批，是总兵夏青云率马队百名，旱雷兵百名及步队三百名，乘海定轮渡海，于二十五日抵牙山县。于是，屯驻牙山的清军人数达二千四百六十五人。
当中国派兵之先，丁汝昌先期遣济远舰率扬威驶至仁川口，与平远合为一小队，以观形势。及至叶，聂两统领率军赴朝时，以超勇舰护之。又恐其力量单薄，又分扬威赴牙山，留济远、平远两舰泊仁川口。当时，日本运兵船络绎而至，大和、筑紫、赤城三舰亦泊仁川口，井派遣汽艇探测牙山湾，显然居心叵测。而李鸿章却要袁世凯劝告朝鲜政府；“日与华争体面，兵来非战，切毋惊扰。迭阻不听，即听之。速设法除全匪；全复,华兵去,日自息。如有要挟，仍可坚持不许。”注20
六月十二日，根据李鸿章的指示，叶志超委派聂土成为前敌营务处，负责剿办事宜，本人则暂驻牙山以待命。但是，聂军并没有同东学党起义军直接交仗。聂士成只是派弁兵一百人，随带翻译，持告示前往全州招抚。告示共三种：其一，晓谕起义军解散。其中有“尔国王发电告急，我中朝爱恤属国，不忍坐视不救，奉谕钦差北洋大臣李奏派本统领率带马步枪炮大队前来助剿。特念尔等本属良善……大兵到日，尔等能悔罪投诚，洗心革面，均予免杀”注21等语。其二，“谕示商民各安其业，毋得惊恐”。其三，申明军纪。有“奉宪檄饬，防营远征，保护藩属，护卫商民，自行军旅，纪律严明。今入朝鲜，军令重申，购买物件，照给钱文。如有骚扰，或犯别情，军法从事．决不稍轻”等语。注22这三种告示被日本间谍送报日本驻朝公使馆。不久，“汉城饬弁持倭使大鸟圭介来咨，诘问前日所出告示是否真伪”。注23果然，后来大鸟圭介便就聂士成告示中“我中朝爱恤属国”、“保护藩属”的语句大作起文章来了。
其实，聂士成派人招抚起义军之日，正是起义军退出全州之时。先是东学党起义军攻陷全州后，两湖招讨使洪启薰又返军攻城，因起义军防守严密，久难攻下。朝王一面处分引起事件的责任者，将全罗道观察使金文铉革职，流配济州岛，并将古阜郡守赵秉甲革职，系械监禁；一面急发最后的精锐江华枪炮队四百及京城、平壤监营兵二千增援，并命严世永任三南注24招抚使，同新任全罗道观察使金鹤镇赴任，与洪启薰协力从事。从派“招讨使”到再派“招抚使”，说明朝鲜政府对东学党起义军的政策巳由“主剿”转为“主抚”了。
严世永抵达全州后，先布告朝王处罚负此次事件责任的地方官吏，以缓和起义军的敌对情绪，继之以劝谕，表示政府愿意妥商解决此事。此时，全琫准已获悉中日两国出兵的消息。在这种情况下，严世永代表朝鲜政府接受了起义军提出下列十二条件，于六月十一日共同签订了休战协定，即所谓《全州和约》：
一，停止迫害起义者和东学道徒，政府与东学党人合力维持社会秩序。
二，查明贪官污吏的罪行，加以严惩。
三、严惩横暴富豪。
四，严惩不良儒林两班。
五、烧毁奴婢文书。