户部
户部掌全国疆土﹑田地﹑户籍﹑赋税﹑俸饷及一切财政事宜。其内部办理政务按地区分工而设司﹐明十三司﹕河南﹑山东﹑山西﹑陕西﹑浙江﹑江西﹑湖广﹑广东﹑广西﹑四川﹑福建﹑云南﹑贵州。清增江南司﹐为十四司。各司除掌核本省钱粮外﹐亦兼管其它衙门的部分庶务﹐职责多有交叉。除以上各司外﹐清还设有掌管八旗事务的八旗俸饷处及现审处。隶于户部的机构有:掌铸钱的钱法堂及宝泉局﹔掌库藏的户部三库﹔掌仓储及漕务的仓场衙门。
礼部
礼部掌典礼事务与学校﹑科举之事。考吉﹑嘉﹑军﹑宾﹑凶五礼之用
三省六部制
﹔管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。礼部下设四司﹐明清皆为﹕仪制清吏司﹐掌嘉礼﹑军礼及管理学务﹑科举考试事﹔祠祭清吏司﹐掌吉礼﹑凶礼事务﹔主客清吏司﹐掌宾礼及接待外宾事务﹔精膳清吏司﹐掌筵飨廪饩牲牢事务。四司之外﹐清设有铸印局﹐掌铸造皇帝宝印及内外官员印信。会同四译馆﹐掌接待各藩属﹑外国贡使及翻译等事。
兵部
明职掌全**卫﹑武官选授﹑简练之政令。清职掌全国绿营兵籍及武职官员的机构。职掌内外武职官员的除授﹑封荫之典﹐乘载﹑邮传之制﹐甄核﹑简练之方﹐士籍﹑军实之数。兵部下设四司﹕武选清吏司﹐考核武职官员的品级与选补﹑升调﹑承袭﹑封赠诸事﹐并管理土司﹔车驾清吏司﹐掌全国马政及驿传等事﹔职方清吏司﹐掌武职官员的叙功﹑核过﹑抚恤﹑军旅之简阅﹑考察﹑巡防等事﹐并管理关禁与海禁﹔武库清吏司﹐掌全国之兵籍﹑军器并武科考试之事。此外﹐清设稽俸厅﹐掌稽察武职官俸﹔会同馆﹐管理京师驿传事务﹔捷报处﹐掌递送文书。
刑部
刑部为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构﹐与督察院管稽察﹑大理寺掌重大案件的最后审理和复核﹐共为“三法司制”。刑部的具体职掌是﹕审定各种法律﹐复核各地送部的刑名案件﹐会同九卿审理“监候”的死刑﹑案件以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。刑部的内部组织机构的设置是按省设司﹐明为十三司﹐名称与户部诸司同。清增加直隶﹑奉天﹑江苏﹑安徽四司﹐为十七司。清刑部各司除分核本省刑名外﹐职掌他省及衙门的部分文书收发和某些日常政务。此外﹐清设督捕司﹐掌督捕旗人逃亡事﹔秋审处﹐掌核秋审﹑朝审各案﹔减等处﹐掌汇核各省及现审各案之遇赦减等事﹔提牢厅﹐掌管狱卒﹐稽察南北所监狱的罪犯﹐发放囚衣﹑囚粮及药物等﹔赃罚库﹐掌收放现审案内赃款及没收各对象﹐并保管本部现银及堂印﹔赎罚处﹐掌罚罪事﹔律例馆﹐掌修订法律。
工部
工部为管理全国工程事务的机关。职掌土木兴建之制﹐器物利用之式﹐渠堰疏降之法﹐陵寝供亿之典。凡全国之土木﹑水利工程﹐机器制造工程(包括军器﹑军火﹑军用器物等)﹐矿冶﹑纺织等官办工业无不综理﹐并主管一部分金融货币和统一度量衡。明清工部下设四司﹕营缮清吏司﹐掌宫室官衙营造修缮﹔虞衡清吏司﹐掌制造﹑收发各种官用器物﹐主管度量衡及铸钱﹔都水清吏司﹐掌估销工程费用﹐主管制造诏册﹑官书等事﹔屯田清吏司﹐掌陵寝修缮及核销费用﹐支领物料及部分税收。除四司外﹐清设有制造库﹐掌制造皇帝车驾﹑册箱﹑宝箱﹑仪仗﹑祭器等﹔节慎库﹐掌收发经费款项﹔料估所﹐掌估工料之数及稽核﹑供销京城各坛庙﹑宫殿﹑城垣﹑各部院衙署等工程。
光绪二十七年(1901)﹐清政府改总理各国事务衙门为外务部﹐这是六部之外增设新部之始。二十九年又增设商部。三十一年再增设学部及巡警部。六部之制逐渐变化。
光绪三十二年﹐清政府宣布“仿行宪政”﹐将户部改称度支部﹐兵部改称陆军部﹐工部与新设之商部合并为农工商部﹐原来的理藩院改称理藩部﹐刑部改称法部﹐另增设民政部﹑邮传部。将原设之太常寺﹑光禄寺﹑鸿胪寺并入礼部﹐礼部内部机构中添设承政﹑参议二厅﹐仪制﹑太常﹑光禄三司及礼器库﹑礼学馆。至宣统三年(1911)四月﹐清政府成立责任内阁。五月﹐责任内阁颁布官制﹐设立制诰﹑铨叙等局﹐吏部遂撤。六月﹐将礼部改为典礼院﹐成为清政府专管朝廷坛庙﹑陵寝之礼乐及制造典守事宜﹐并掌修明礼乐﹑更定章制的机关。六部之制﹐遂告变革。
现象
永乐十九年（公元1421年），明成祖迁都北京，改南京为留都。南京除了没有皇帝之外，其他各种官僚机构的设置完全和北京一样。南京所设立之六部称“南六部”，虽同有一套职官，但多安置闲散退休或被排斥的官员，其职权远不如北京六部。所以，南京各官自成一种势力，与北京明争暗斗，两京官员迭为消长，操纵朝局。这是明代的一种奇特现象。
明代六部所属各清吏司之郎中、员外郎、主事等司官，皆为实际任职之人，所以颇能上下其手，招降纳贿。
明代六部尚书往往不拘定额，可以添差，故有道士而任礼部尚书，工头而任工部尚书的现象
革新
光绪二十七年(1901)﹐清政府改总理各国事务衙门为外务部﹐这是六部之外增设新部之始。二十九年又增设商部。三十一年再增设学部及巡警部。六部之制逐渐变化。
光绪三十二年﹐清政府宣布“仿行宪政”﹐将户部改称度支部﹐兵部改称陆军部﹐工部与新设之商部合并为农工商部﹐原来的理藩院改称理藩部﹐刑部改称法部﹐另增设民政部﹑邮传部。将原设之太常寺﹑光禄寺﹑鸿胪寺并入礼部﹐礼部内部机构中添设承政﹑参议二厅﹐仪制﹑太常﹑光禄三司及礼器库﹑礼学馆。至宣统三年(1911)四月﹐清政府成立责任内阁。五月﹐责任内阁颁布官制﹐设立制诰﹑铨叙等局﹐吏部遂撤。六月﹐将礼部改为典礼院﹐成为清政府专管朝廷坛庙﹑陵寝之礼乐及制造典守事宜﹐并掌修明礼乐﹑更定章制的机关。六部之制﹐遂告变革。